HE染色：蘇木精—伊紅染色( hematoxylin-eosin staining )，簡稱HE染色法，蘇木精染液為堿性，主要使細胞核內的染色質與胞質內的核糖體著紫藍色；伊紅為酸性染料，主要使細胞質和細胞外基質中的成分著紅色。易于被堿性或酸性染料著色的性質分別稱為嗜堿性和嗜酸性；若于兩種染料的親和力都不強，則稱中性。一般的組織變化和組織產物都可以通過這一染色法顯示出來，是形態學最常用的染色方法。HE染色法是組織學、胚胎學、病理學教學與科研中最基本、使用最廣泛的技術方法。

病理特殊染色
Masson染色：主要用于膠原纖維和肌纖維的鑒別染色。 由mallory三色染色改造，利用兩種或三種陰離子染料混合一起或先后作用完成染色，與陰離子染料分子大小和組織的滲透性有關。根據組織不同的滲透性能，選擇分子大小不同的陰離子的染料進行染色，便可把不同組織成份顯示出來。結果判讀:膠原纖維藍色（苯胺藍復染）或綠色（亮綠復染）,肌纖維、纖維素紅色。
 
天狼星紅染色：苦味酸天狼星紅染色(天狼星紅染色)可以使膠原持久染色,在偏光顯微鏡下能增強膠原纖維的雙折光性,作為病理切片特殊染色方法,狼紅染色可以特異地顯示膠原組織,在偏光鏡下,Ⅰ型膠原(C-Ⅰ)呈黃或紅色,Ⅲ型膠原(C-Ⅲ)呈綠色,Ⅱ型膠原(C-Ⅱ)呈藍綠或灰藍色.在臨床病理診斷和研究應用中,狼紅染色主要用于分析纖維化的程度和特點。

油紅0 染色：用于脂肪顆粒的染色，油紅O為脂溶性染料,在脂肪內能高度溶解,可特異性的使組織內甘油三酯等中性脂肪著色。結果判讀：中性脂肪呈深橙紅色，胞核藍色。

PAS染色：又稱過碘酸雪夫染色，糖原染色。一般用來顯示糖元和其它多糖物質。過碘酸能使細胞內的多糖乙二醇基氧化成二醛，再與Schiff氏液的無色品紅結合，紅色，定位于胞漿上。

VonKossa染色：Von Kossa’s礦化結節染色法又稱為硝酸銀染色，原理是將礦化基質中的磷酸鹽(鈣)、碳酸鹽(鈣)轉變為磷酸銀、碳酸銀，然后用日光、紫外線或強還原劑使其還原為黑色的金屬銀。

尼氏小體染色：尼氏體是分布于神經細胞胞質內的三角形或者橢圓形小塊狀物質，能被堿性染料如硫堇，亞甲藍，甲苯胺藍和焦油紫等染料染成深藍紫色。

LFB神經髓鞘染色：神經髓鞘是包裹在神經軸突外面的管狀鞘，成節段性，髓鞘染色一般常染正常的髓鞘，LFB染色可以把髓鞘染成鮮藍色，核深藍色，膠原纖維粉紅色。