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KASP SNP基因分型技術(shù)介紹
來源:Genenode|君諾德公司     發(fā)布時間:2017-12-26     Hits:19728


單核苷酸多態(tài)性
(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs),指由于單個核苷酸堿基的改變而導(dǎo)致的核酸序列的多態(tài)性。在不同個體的同一條染色體或同一位點(diǎn)的核苷酸序列中,絕大多數(shù)核苷酸序列一致而只有一個堿基不同的現(xiàn)象,這就是SNP。
 由于SNP在人類基因組中數(shù)量較多,發(fā)生頻率較高,因此被認(rèn)為是繼微衛(wèi)星之后的新一代遺傳學(xué)標(biāo)記,在醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)、藥物遺傳學(xué)、疾病遺傳學(xué)、疾病診斷學(xué)、以及人類進(jìn)化等研究領(lǐng)域都有著很高的研究價值和應(yīng)用前景。


KASP SNP技術(shù)原理
KASP方法即Kompetitive Allele-Specific PCR(競爭性等位基因特異性PCR),可以用2個熒光探針、2個通用淬滅探針,再加多個位點(diǎn)特異探針來檢則多個SNP位點(diǎn),這項(xiàng)技術(shù)是基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP分型以及檢測InDels (插入和缺失)。原理上類似Taqman檢測,也是基于終端熒光讀取判斷,每孔采用雙色熒光檢測一個樣本的一個位點(diǎn)可能的兩種基因型,而KASP技術(shù)與Taqman技術(shù)不同的是,它不需要每個SNP位點(diǎn)都去合成特異的熒光引物,它基于自己獨(dú)特的ARM PCR原理,讓所有的位點(diǎn)檢測最終都使用通用熒光引物擴(kuò)增,這大大降低了LGC KASP的試劑成本,既有金標(biāo)準(zhǔn)的準(zhǔn)確,又降低了使用成本,比Taqman還具有更好的位點(diǎn)適應(yīng)性,所以在醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)檢測方面KASP都有非常好的應(yīng)用,尤其適用于大量樣本,大量位點(diǎn)的檢測,檢出率高,準(zhǔn)確性好。

技術(shù)特點(diǎn):高通量,簡單,靈活,準(zhǔn)確率高,檢出率好!
分型結(jié)果準(zhǔn)確,準(zhǔn)確度>99.8%
 基于終端熒光讀取判斷,每孔采用雙色熒光檢測一個樣本的一個位點(diǎn)可能的兩種基因型,不同的SNP模板對應(yīng)不同的熒光產(chǎn)物。
 檢測成本低
 不需要每個SNP位點(diǎn)都去合成特異的熒光引物,它基于自己獨(dú)特的ARM PCR原理,讓所有的位點(diǎn)檢測最終都使用通用熒光引物擴(kuò)增,這大大降低了試劑成本。合成的探針可用于上千樣本的檢測。
 節(jié)省樣品
 對樣本質(zhì)量要求沒那么高,每個SNP檢測僅需樣本1-10ng DNA (根據(jù)人類基因組大小測算)。
 檢測時間短,檢測通量高
 全自動的工作平臺及超大通量,使得實(shí)驗(yàn)最短的時間內(nèi)完成檢測,,靈活采用 96 孔板、384 孔板,甚至是 1536 孔板,一天可檢測八萬個以上 SNP 位點(diǎn);檢測體積低至 1μL,且僅采用常規(guī)引物探針即可完成實(shí)驗(yàn),大大降低檢測成本。
 一站式服務(wù)
 從提供生物樣本開始,進(jìn)行探針設(shè)計(jì)、DNA抽提、檢測到分析結(jié)果,提供省心省力的一站式服務(wù)。

成本最低,準(zhǔn)確率高,檢出率好的SNP分型方法:
 基因分型費(fèi)用2.5-3元/位點(diǎn),引物探針設(shè)計(jì)合成費(fèi)用:200-300元/位點(diǎn)。

客戶需提供
  • 細(xì)胞,組織或血液等樣品材料,基因組DNA提取費(fèi)用單獨(dú)收費(fèi); 
  • 基因組DNA(體積≥30μl,濃度≥50 ng/μl),純度 OD260/280 為1.7~1.9之間; 
  • 人類基因組需提供SNP位點(diǎn)的RS號。其它物種如牛、雞、魚等無rs號的,需提供SNP位點(diǎn)上下游各200bp的確切序列,SNP位點(diǎn)的突變類型,以及位點(diǎn)的上下游25bp內(nèi)是否存在其它連鎖位點(diǎn)。
最終提交結(jié)果
  • SNPs結(jié)果(ExceL表格); 
  • 2. 完整實(shí)驗(yàn)報告:擴(kuò)增和反應(yīng)體系、所涉及的引物、探針序列;


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